При включении нескольких методов оплаты, все они будут доступны на странице оформления заказа, но можно удалить метод оплаты WooCommerce для определенной категории товаров.

Это может потребоваться в самых разных случаях, например оплату за одну категорию товаров вы хотите принимать на сайте, а оплату за другую категорию – наличными.
В моем случае, я ограничил метод оплаты только для пробного товара, что бы вы могли протестировать работу плагина Яндекс.Деньги для WooCommerce.

Первым делом потребуется узнать название метода оплаты в WooCommerce. Для этого откройте вкладку «Платежи», на интересующем вас методе оплаты нажмите правой кнопкой мыши и выберите «Исследовать элемент» для Windows, либо «Проверить объект» для Mac OS.
Удалить метод оплаты WooCommerce

Найдите строку-ссылку на метод оплаты, в ней указано техническое имя метода. В моем случае tinkoff.
Аналогичную операцию выполните для категории товаров, вам потребуется узнать ID-номер.

Далее для удаления метода оплаты в WooCommerce вставь следующий код в файл finction.php. Не забудьте изменить в нём ID-номер категории и метода оплаты.

//WooHelp.ru
//WooCommerce 3.5.3
//Удаляем метод оплаты для категории товаров
add_filter( 'woocommerce_available_payment_gateways', 'delete_gateway_category' );
function delete_gateway_category( $available_gateways ) {
global $woocommerce;
$unset = false;
$category_ids = array( 45 ); //ID-номер категории товаров
foreach ( $woocommerce->cart->cart_contents as $key => $values ) {
    $terms = get_the_terms( $values['product_id'], 'product_cat' );    
    foreach ( $terms as $term ) {        
        if ( in_array( $term->term_id, $category_ids ) ) {
            $unset = true;
            break;
        }
    }
}
    if ( $unset == true ) unset( $available_gateways['tinkoff'] ); //Метод оплаты
    return $available_gateways;
}

Где находится файл function.php?

Файл function.php находится в папке вашей темы WordPress, путь к файлу следующий:
/wp-content/themes/Тема WordPress/function.php

Этот код еще работает?

Пожалуйста, сообщите мне в комментариях о работоспособности. Данный код тестировался с версией PHP 7 и WooCommerce указанной в коде.